黑龍江農墾職業(yè)學院前身是黑龍江農墾經濟學校和黑龍江農墾師范學校兩所中專學校，原校址在佳木斯市。黑龍江農墾經濟學校成立于1981年，校址在佳木斯；黑龍江農墾師范學校成立于1977年（原名為牡丹江農墾師范學校），原校址在虎林市，1994年師范學校由虎林市搬遷至佳木斯市，更名為黑龍江農墾師范學校。2000年7月，農墾總局從“科教興墾”的戰(zhàn)略全局出發(fā)，決定將農墾經濟學校和農墾師范學校合并，組建黑龍江農墾職業(yè)學院。2000年10月申辦工作正式啟動，2001年1月6日通過專家評審組評估，2001年3月8日經黑龍江省人民政府批準，教育部備案，黑龍江農墾職業(yè)學院伴隨著新世紀的鐘聲正式成立。

兩校合并成立黑龍江農墾職業(yè)學院后，為使學院更快發(fā)展，經省農墾總局、省人民政府批準，于2003年8月學院由佳木斯市整體搬遷至哈爾濱市江北大學城。2004年1月1日黑龍江農墾衛(wèi)生學校并入黑龍江農墾職業(yè)學院。黑龍江農墾衛(wèi)生學校是1959年成立的中專學校，原校址在密山市裴德鎮(zhèn)，2004年10月份從裴德鎮(zhèn)搬遷至現校區(qū)。